Teroristička skupina Haqqani Network počela se pojavljivati u izvješćima obavještajnih agencija koje su djelovale u Afganistanu i Pakistanu od 2004. do 2005. godine. Ime mreže povezano je s imenom terenskog zapovjednika Jalaluddina Haqqanija, koji se borio protiv sovjetskih trupa.
Tijekom boravka sovjetskih trupa u Afganistanu, Jalaluddin Haqqani bio je poznati terenski zapovjednik, podržavala ga je američka Središnja obavještajna agencija pružajući financijsku pomoć.
Nakon povlačenja sovjetskih trupa, nastavljen je građanski rat u Afganistanu. Haqqani je sudjelovao u nekoliko velikih operacija, njegov je autoritet znatno porastao. 1992. godine sudjelovao je u mirovnim pregovorima zaraćenih strana, a zatim je postao ministar pravosuđa Afganistana i na toj je dužnosti bio četiri godine.
Nakon zauzimanja Kabula od strane talibana 1996. godine, Haqqani je prebjegao na njihovu stranu i imenovan ministrom graničnih poslova. U praksi je to dovelo do činjenice da je u potpunosti kontrolirao provinciju Paktiu, u kojoj su bili smješteni kampovi za obuku al-Qaede koje su Amerikanci kasnije uništili. Nakon početka američke operacije protiv talibana, Haqqani je počeo zapovijedati njihovim oružanim snagama, ali nije mogao odoljeti napadačima. Talibani su poraženi, Haqqani je počeo voditi gerilski rat, a Amerikanci su ga ubrzo proglasili jednim od šest najtraženijih terorista Talibana.
Haqqanijeve akcije protiv vladinih snaga i američke vojske bile su vrlo uspješne, od sredine 2000-ih, izvještaji iz Afganistana počeli su spominjati "mrežu Haqqani", što je ukazivalo na povećani utjecaj ovog vojskovođe. Od 2006. godine, zajedno s Haqqanijem, njegov sin Sirajuddin (Siraj) bio je zadužen za mrežu. Od 2007. godine Siraj je upravljao skupinom u vezi s pogoršanjem zdravlja njegovog oca. Usko povezana s talibanima, teroristička skupina Haqqani unatoč tome djelovala je neovisno i nikada se nikome nije podvrgla.
Ubrzo je vodstvo "Haqqani mreže" već uključivalo nekoliko članova obitelji njezinog osnivača i brojne terenske zapovjednike, grupa je kontrolirala nekoliko provincija Afganistana. Od 2008. godine grupa je počela koristiti bombaše samoubojice za izvođenje terorističkih napada, američke vlasti počele su je smatrati najvećom prijetnjom američkim trupama u Afganistanu. Prema obavještajnim službama, broj članova mreže u 2010. kretao se od 4 do 15 tisuća ljudi. Bilo je teško preciznije procijeniti broj militanata zbog zatvorene prirode skupine.
Od 2008. godine, sina osnivača grupe, Siraja Haqqanija, Sjedinjene Države uvrstile su na popis terorista; od 2009. godine najavljena je nagrada od 5 milijuna dolara za podatke o njemu. Sljedećih godina Nasiruddin Haqqani, Khalil al-Rahman Haqqani i Badruddin Haqqani dodani su na popis terorista.
Američke se vlasti dugo vremena nisu usuđivale službeno uvrstiti "mrežu Haqqani" u broj terorističkih skupina, jer su se još uvijek nadale dogovoru s vođama tako utjecajnog pokreta. Obavještajne službe zemlje čak su održavale sastanke s predstavnicima mreže, ali nisu uspjele postići bilo kakav dogovor.
Situacija se napokon razjasnila u rujnu 2011. godine, kada su teroristi iz mreže Haqqani napali sjedište NATO snaga i američko veleposlanstvo u Kabulu. 16 ljudi postalo je žrtvom napada. Postalo je jasno da s teroristima neće biti moguće postići sporazum, a u rujnu 2012. objavljeno je da su Sjedinjene Države na popis terorističkih skupina dodale mrežu Haqqani.
